揭秘:英科学家是这样发现新变种的

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来源:凤凰欧洲

近日,英国因出现新冠病毒新变种受到关注。法国巴黎医疗委员会负责人雷米·所罗门今日表示,该变种在巴黎迅速传播,上周占新巴黎感染病例的6%,目前占比达到20%。

有观点认为,这种新变种很可能已在其他国家存在,但由于缺乏测序技术因此没有被发现,英国发现它是因为有领先的基因测序技术。

而美国媒体《华尔街日报》在1月30日的报道中就详细分析了英国是如何发现新变种、成为世界新冠基因测序领头羊的。

文中写道,英国剑桥郡Hinxton的有一个大型基因测序基地——惠康桑格研究所(Wellcome Sanger Institute)。

它是英国基因测序系统的一部分,每周都会收到来自全英各地约50万份病毒测序样本,常规工作就是对病毒进行储存、排列、采样和测序。在疫情高峰期时,英国约为10%的病毒进行了测序。

如果没有该系统,新冠病毒新变种可能还潜伏在人类中,不为大多数国家所知。

截至1月29日,英国对5%的新冠病毒进行了基因测序,并向由非营利组织“全球共享流感数据倡议组织(GSIID)”提交了190,000个基因组序列数据,这占到全球基因库数据的44%。

对比之下,只有几个少数国家为该基因库贡献了超过1%。

而美国正在追赶英国,自12月以来,美国加大了对全球基因测序的贡献,目前对美国约3%的病毒进行了测序,在全球基因库中的贡献约为20%。

报道称,英国测序能力之所以领先,部分原因是建立在历史的基础上:DNA双螺旋结构最早是由英国科学家发现的,并且英国是“人类基因组测序计划”中最早的国际成员。

卫生大臣汉考克曾表示,“英国是世界上最早认识到需要病毒基因组测序基础设施的国家之一,我们早在新冠出现之前就投入了巨资。”

此外,由于国家卫生局与大学和制药业中的研究人员形成紧密的网络,因此英国还拥有丰富的数据库。

尽管有上述优势,但英国的新冠病毒大规模测序计划差点被扼杀在摇篮中。

微生物学家Sharon Peacock曾于去年3月4日(当时英国确诊了4例新冠病例)首次提出对病毒进行基因测序。但提议遭到另一些科学家的反对,对方认为,对流感等变异较慢的病毒进行基因测序是白费力气。

直到3月11日,世界卫生组织宣布全球大流行,Sharon Peacock与19位科学家再次讨论了该计划,并在18日向英格兰首席科学官提交了蓝图。该计划最终得到政府点头,并于4月1日获得2000万英镑的政府资助。

不过《华尔街日报》认为,英国检测到新变种更多的是靠运气,而非策略。因为大规模基因测序计划最初的目的,是检测超级传播事件并非新变种。

随着疫情持续,全球已有超过1亿人感染,使突变速度本来很慢的新冠病毒有了更多变异的机会。去年11月,英格兰东南部的一个红点引起了英国科学家的注意,这个红点开始逐渐变大,也就是说具有相同突变的新变种开始蔓延。

测序人员通过追溯基因组数据库,发现该病毒首次于9月20日在英格兰东南部的肯特郡出现,一天后又在伦敦出现。但他们一开始并不确定病例的激增是由于违反防疫规定还是因为病毒突变除了更强的传播性。

这时研究人员找到两个关键线索,一是11月的英国正处于全境封锁状态,二是病例激增的地区刚好是发现新变种流行的地区。科学家认为,这种相关性不是巧合,最终将新变种指定为关注的问题之一。

总之,不管新变种的成功发现是偶然还是必然,他的确提醒了世界对新变种的关注,并且为这次应对南非新变种、打响检测闪电战奠定了基础。

英格兰公共卫生战略响应总监兼NHS测试和追踪首席医学顾问Susan Hopkins博士说,通过积极测序,我们得知最早在南非发现的新冠新变种已出现在英格兰多个地区。

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